Voilà une distinction bien utile :
"enregistrer" permet de préserver les calques, l'ensemble du projet de montage qui pourra être retravaillé plus tard.
"exporter" sauvegarde l'image telle qu'elle est visible à l'écran : donc si vous cachez le calque de premier plan, c'est le calque immédiatement en dessous de la pile qui sera conservé.
En conséquence : Exporter est à utiliser pour sauvegarder une image définitive et non un projet.